RIP-seq

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定製專屬胞內RNA與蛋白研究

RIP-seq是研究細胞內RNA與蛋白結合情況,以RNA免疫共沉澱(RIP)為基礎,
采用特異抗體對RNA結合蛋白或者特殊修飾的RNA進行免疫共沉澱後,
分離RNA,通過Illumina測序,
在全轉錄組範圍內研究被特定蛋白特異結合的RNA區域或種類,且可比較多個樣品間差異。

新穎,精準,卓越。

采用卓越的RIP-seq技術,結合高性價比的測序數據和信息分析,
在全轉錄組範圍內對蛋白結合位點進行篩選與鑒定,係統、全麵、精準挖掘結合位點,
深度解析目標RNA種類以及其與蛋白的相互作用。

科學方案設計

從材料選取,建庫測序,到數據分析,
每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。

信息分析

諾禾致源RIP-seq測序項目,通過對IP下來的合格RNA樣本,建庫測序,
獲得高質量reads,根據SCC曲線判斷IP效果,通過motif分析判斷IP
的特異性以及分析的可信性,高效預測相關基因,進行功能富集分析、預
測特異蛋白的功能,以及特異蛋白結合的RNA種類。

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分析內容 解決問題
測序數據質量評估 過濾掉低質量數據,保證數據質量
與參考基因組比對 scc分析,判斷IP效果
peak峰calling 分析蛋白結合位點
樣品間相關性分析 判斷實驗分組設計是否合理
motif分析 蛋白結合序列的偏好性
peak峰相關基因注釋 尋找蛋白潛在調控或者結合的基因
差異peak分析 分析不同樣本間差異peak峰
相關基因功能分析 相關基因GO,KEGG富集分析

悅讀高質量測序數據,盡享HPC澎湃動力

RIP-seq采用先進的Illumina測序平台,快速、高效地讀取高質量的測序數據。
諾禾致源高性能計算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL計算節點和Isilon存儲的高效組合,
實現快速穩定的測序數據分析及交付。隨著業務的發展,高性能計算平台將會持續更新並擴容,
以保證高效的數據處理和安全的數據存儲。

出色完成每一個項目環節

至2015年12月,諾禾致源已經成功對牛、鼠、豬、人,
擬南芥等20多種哺乳動物和模式植物進行RIP測序分析,根據客戶研究的特殊性,
訂製個性化實驗方案,協助客戶完成大量基於NCS的個性化分析。
“科學的方案設計,嚴格的質控管理,專業的分析團隊,豐富的項目經驗,優質的項目服務”,
確保每一個環節都能出色完成,助力出色的科學研究。